Bosznia-Hercegovina területe 51 129 négyzetkilométer. Horvátországgal rendkívül hosszú, 932 km közös határa van északon és délnyugaton. Északkeletről Szerbiával, délkeletről pedig Montenegróval (Crna Gora) szomszédos. Bosznia-Hercegovina nagyrészt természetes határokkal rendelkezik, amelyeket északon a Száva, keleten a Drina, délnyugaton pedig a Dinári-hegység alkot.
Az ország két történelmi-földrajzi egységből, az északon elterülő, nagyobb (mintegy 42 ezer négyzetkilométert kitevő) Boszniából valamint a déli Hercegovinából áll. Mindkét rész nagyobb részben hegyvidéki terület, de a felszín jellegzetességei eltérőek.


Bosznia-Hercegovina tengerpartja Neumnál
Észak felé a hegyvidék a Száva-mellék (Posavina) lágy dombokkal borított vidékébe, majd a Pannon-síkságba megy át. Boszniának a dinári hegyvidékhez tartozó részei kelet-nyugati irányban húzódnak. Hercegovina a Hegyi - (vagy Magas-) és az Adriai- (vagy Alacsony-) Hercegovinából áll. Utóbbi Neum (Magyarországon ismertebb nevén Naum) és a Klek-félsziget között kiér a tengerre. Jelentősek az ún. poljék (kis, völgyekben elterülő síkságok) is, amelyek a nagyobb boszniai folyók mentén észak-déli irányban húzódnak. Délnyugaton, délen és délkeleten a kiterjedt karsztmezők (a Livnói, Duvnói és a Popovo polje) adják a táj jellegzetességét.
A világ országai közt itt a legrövidebb a tengeri határ hossza a szárazföldihez képest.
Bosznia-Hercegovina területének 13,6%-a művelhető, de mezőgazdasági művelés alatt csak 3%-a áll. Az ország természeti erőforrásai között említendők a szén, a vas, a bauxit, a mangán, a réz valamint a fa és a jelentős vízenergia. Bosznia-Hercegovina számára a ritkán előforduló földrengések és áradások jelentik az egyetlen komoly természeti veszélyforrást. A legsúlyosabb természeti problémák közé az ipari eredetű légszennyezettség, a területnek az ökológiai tudat és kultúra hiányából fakadó általános szennyezettsége, és a fokozott erdőirtás tartozik. Legmagasabb pontja: Maglić (2386 m) Nagyobb városok: Szarajevó, Banja Luka, Bijeljina, Tuzla, Zenica, Doboj, Mostar.