A Fertő eredete és múltja sokat vitatott kérdés. Régészeti feltárások következtében tudjuk, hogy a tó környéke már az újkőkor óta lakott. A rómaiak Pelso, Pejso illetve, Peiso név alatt ismerték. A Pelso nevet a Balatonra is alkalmazták. A német Neusiedler See a Zoltán fejedelem által a 10. században betelepített besenyő őrtelepre utal.

A 4. században állítólag Galerius császár kiszárítatta, de az csakhamar megtelt vízzel. A 14. században kisebb lehetett a jelenleginél. A közepe táján volt a legkeskenyebb, ahol vámot szedtek. Az a fertői monda, hogy több község elöntése által Giletus fraknói herceg korában jött volna létre, teljesen alaptalan. A tó gyakori áradása és apadása több oklevélben is nyomon kisérhető.
A tónak a 19. században történő kiszáradása volt a legnevezetesebb.

A tónak a 19. században történő kiszáradása volt a legnevezetesebb. 1855-ben vették észre, hogy a tó víze a rendes partjairól visszahúzódik. Eleinte igen lassan, majd szemmel láthatóan beljebb húzódott, míg 1866 júliusában teljesen eltűnt. A fennmaradt iszap annyira telítődött vízzel, hogy abban veszélyes volt járni. 1869-ig teljesen száraz volt a medre. Ezért azt felszántották és gazdasági épületek keletkeztek benne. A kiszáradás oka a nagy szárazság volt. A belé ömlő patakok vize is elapadt. A kiszáradás után belsejében sók keletkeztek. A szikpor különösen a keleti parton virágzott ki. A lakók összesöpörték és szappant készítettek belőle. A kiszáradás alatt a délibáb megjelent.

A trianoni békeszerződéssel vált határmenti tóvá.