A XVI. században több előkelő család választotta a templomot, a káptalantermet, az alattuk húzódó kriptát vagy a kerengőt temetkezési helyül. A következő században többek között a Czirákyak, az Esterházyak és a Széchényiek is örök nyughelyükül választották a Kecske-templomot. Egészen 1780-ig, a templomokban való temetkezési jog bevonásáig temetkeztek ide családok.
1676-ban nagy tűzvész pusztított Sopronban, aminek során leégett a templom tetőzete. Ezt követően alakították a templomot barokkos stílusúra, ekkor készült a nyugati oldal barokk főhomlokzata és ebből a korból származik a ma látható berendezés nagy része, a rokokó szószék és főoltár is.

1787-ben II. József feloszlatta a koldulórendeket, így a ferences rendet is. A templomot elhanyagolták, az 1790-es évek végén szénatárolásra használták. A 1802-ben a bencések kapták meg a templomot és a kolostor épületegyüttesét. A század végén id. Storno Ferenc restaurálta a templomot, visszaállítva annak eredeti gótikus stílusát és koronás kőtornya is ekkor kapta mai formáját.

A bencések használták a templomot és a rendházat egészen 1948-ig, amikor kiköltöztették őket és kolostorukat előbb egyetemi, majd középiskolai kollégiummá alakították. A bencések az 1990-es években A Kecske-templom belsején is érezhető a több építészeti kor megjelenése: a boltozat, a levéldíszes vagy torz emberfejjel ékesített gyámkövek a középkorból, a gótikus hálóboltozat alatti, szobrokkal gazdagon díszített oltárépítmény a XVIII. századból származik.

A templom két szószékén ugyanez a kettősség fedezhető fel. A korábbi, látszólag egyszerűbb szószék eszmeileg értékesebb, hiszen a történet szerint innen prédikált a kereszt megvédése érdekében Kapisztrán Szent János ferences szerzetes, aki a pápa utasítására a török ellen hívta csatába a hívőket, a sereg élén pedig maga is részt vett a diadalmas nándorfehérvári csatában. Ez a szószék eredetileg fából készült, de később márvánnyal burkolták be, mert amikor a kései utódok megtudták, hogy innen prédikált Kapisztrán Szent János, szét akarták hordani, még ha szálkánként is. A másik, gazdagon díszített, XVIII. századi szószéket levelek, szobrok, domborművek ékesítik.kapták vissza a templomot és a mellette álló kolostort.