Ő építteti meg a ma is látható orgonát. Várkonyi Jenő apát plébános a lelkipásztori munka átalakításával és elmélyítésével foglalkozik: kongregációk, egyletek és hitéleti társaságok alapítása. Nagy segítséget jelentett a Szatmári Irgalmas Nővérek munkája a leányifjúság nevelésében. Az új évszázadban két káplánja van Kapuvárnak. Ők nagy buzgalommal és fiatal emberek energiájával nagy segítséget jelentenek. Ezért is tisztelik és szeretik őket! Ekkor válik a közösség a Rábaköz mélyen vallásos központjává. Ő szervezi meg az 1945-ös változások után a majori iskolákat és miséző helyeket (Öntés, Kistölgyfa, Földvár). Az ötvenes évek nagy politikai és társadalmi változásai (kommunizmus) sok kihívást jelentenek az Egyház és a papság számára. 1951-ben új plébánosa lesz Kapuvárnak Rákosi Elek, a későbbi kerületi esperes, püspöki irodaigazgató, majd helynök személyében. Ő alakítja át a lelkipásztori munkát, megszervezi a plébánia és lakóinak ellátását hiszen a földeket és a vagyont kihúzták az egyház lába alól. A buzgó kapuváriak nemcsak ebben támogatják, hanem a plébániaépület és a templom külső és belső kialakításában. Ekkor alakulnak ki a külső és belső formák - így látható ma is. A templom kifestésével csodálatossá tette azt. Nedesovszky János apát-plébános és Zsebedits József c. kanonok plébánossága alatt a zsinat előírásának megfelelően kialakulnak a belső terek. Oltár, liturgikus tér, sedes, ambo, a ministránsok és énekesek helyének kialakításával pedig a hívek tevékeny bekapcsolódását akarják megvalósítani. Így érkezik meg Kapuvár városa, temploma és hívei a megkezdett rendszerváltozáshoz. A templom ékessége a jobbhajóba beépített Lourdesi barlang, a bal hajóba pedig, 1989 májusában készült (több átalakítással) a Szarkofág oltár: "Mindenszentek tiszteletére a szenvedő lelkekért, a világháború áldozatainak emlékére" felirattal. A ma látható orgona kétszer lett átépítve, a mostani mechanikus; két játszóasztalos 23 regiszterrel. A kibővített háromhajós templom festői voltak: Thury Gyula, Somodai János és Závory Zoltán. Mindegyikük keze nyoma és lelkülete benne van a templomban. A karban az orgona felett secco falfestmény látható, ez a kapuváriakat ábrázolja ősi népviseletben. Így tudjuk megadni a templom lelkületét. Istent dicsőítik a szentélyben az angyalok és a szentek; a templomban és a kóruson a kapuvári emberek. A milleneumi esztendőt lezárva bronztábla helyeztetik el a főbejáratban a harangok háromszori pusztulásának emlékére (tűzvész 1843, első világháború 1914, második világháború 1944).
A harangok sorsa hasonló az itt lakó emberekéhez, hiszen ők is szenvedtek, pusztultak, meghaltak ezen időszakokban. Az Új évezredet ezen kéréssel kezdjük:

"Uram védd meg és mentsd meg Kapuvár népét a tűzvésztől és a háborúktól".