Nagy Lajos király halála után a vár Ludányi Tamás egri püspök kezére került. Ludányi a pártosok pártjára állt, s amikor Zsigmondot királlyá koronázták, Lengyelországba menekült, a várat Debrõi Istvánra bízta, aki azt Rozgonyi Simon püspöknek átadta. Amikor 1446-ban Ozdrovácz Péter lengyel hadvezér itt tartózkodott, és a várõrség egy része a környezõ borospincékben nagy ivászatot rendezett, Telefusz cseh huszita vezér csapatával a magára hagyott várat megrohanta, az ott tartózkodók egy részét megölte, a várat és a várost felgyújtotta, majd gazdag zsákmánnyal, az elfogott Ozdrovácz Péterrel az V. László pártján álló Czudar Péter ónodi várába akart eljutni. Az üldözésükre indult magyar és lengyel csapatok azonban útközben megtámadták õket, nagy részüket levágták, a fõvezért kiszabadították. Telefuszt pedig elfogva Eger vár börtönébe zárták. A támadás hatására Rozgonyi a vár déli oldalfalának közepe táján egy kölönálló 20 m magas bástyát, a Szépbástyát építtette meg, ahol a hadi felszereléseket tárolták.
Rozgonyit- aki 1441-ben a várnai csatában életét vesztette- Héderváry László, majd õt Dóczy Orbán, Mátyás király kincstárnoka, helytartó és koronaõr követte a püspökségben.
Albert osztrák herceg 1490-ben a várost felégette, de a várat elfoglalni nem tudta. A leégett székesegyházat az olasz származású Ipolito d'Este állíttatta helyre és a vár õrségét is megfelelõ fegyverzettel látta el. Az õrség azonban 1514-ben Dózsa György vezérének Barabásnak serege elõtt a vár kapuit önként megnyitotta.
A mohácsi csatavesztés után Eger hol Szapolyai János, hol pedig Ferdinánd kezére került. János király vezére, Bodó Ferenc 1527-ben foglalta el, és a vár õrségének nagy részét kegyetlenül lemészárolta, mire Ferdinánd nagy sereget küldött a vár felmentésére. Bodó nem bízva a romos várban, Keresztesnél támadást kezdett, de csatát vesztve maga is fogságba került, a kevés számú õrség meghódolt és a várat Salm Miklós grófnak átadta.
János király 1529-ben Egert újra elfoglalta, de 1530-ban már Serédi Gáspár felvidéki kapitányé volt, majd 1534-ben Perényi Péter birtokába került. A várkapitánynak kinevezett Varkoch Tamás 1542-ben- valószínûleg Alessandró da Vedano tervei alapján- nagyszabású építkezésbe kezdett.
Lerombolták a Dóczy Orbán által megkezdett templomot, a Szépbástyára megépítették a híres Töltés, vagy Szentély bástyát, ettõl északkeletre építõjérõl elnevezett Sándor bástyát. A várat hatalmas árokkal kettévágták, ezzel kialakítva a belsõ és külsõ várat. Megépült a déli falon nyitott új kaput õrzõ Varkoch torony, a vár északnyugati sarkában a Tömlõc bástya és a keleti oldalon készült új kapu elé mintegy 200 méterre minden irányba 5 méter vastag földbõl az ék és ollómûszerû elõvédõmû.