Dobó megépíttette a belsõ vár nyugati oldalán az ó-olasz rendszerû Dobó bástyát, a nyugati falnál egy hosszabb épületet a vártisztek és apródok részére, és a Tömlöc bástya elé a Föld bástyát.
A megerõsített vár elfoglalására 1552. szeptember 11-én érkezett meg a török hatalmas sereggel, de 39 napos eredménytelen ostrom után nagy veszteség mellett kénytelen volt elvonulni. Mivel a vár helyreállítására Dobó anyagi segítséget nem kapott, a királytól felmentését kérte, aki ezt elfogadta és a betegsége miatt lemondott Báthori Endre helyére, Erdély vajdájává nevezte ki, lakhelyéül Dévát, családjának pedig Szamosújvárt jelölte ki. Dobót alaptalan vádakkal 1556. december 3-án börtönbe zárták, ahonnan 1557-ben sikerült megszöknie.
Miksa király 1558-ban Dobót hûségéért a lévai és véglesi uradalmakkal, Gönc és Telkibánya városokkal, egyben Bars megyei fõispánsággal jutalmazta meg.
Dobót, az egri várkapitányságban 1553-ban Bornemissza Gergely követte, aki azonnal megkezdte a vár helyreállítását. Egyik alkalommal, amikor a hatvani török csapatok Eger környékét rabolták, meggondolatlanul kis létszámú csapatával rajtuk ütött, az ütközet során elfogták és Konstantinápolyba szállították, ahol Ahmed basa, Eger várának sikertelen ostromlója bosszúból felakasztatta. A helyére várkapitánynak kinevezett Zoltay István folytatta a helyreállítási munkálatokat.
Az építkezést Francesco Pozzo építõmester és Martino Remiglio építész vezette. Ezután 1572-1583 ban Ottavio Baldigara vezette az építkezéseket, öt bástyát tervezett, amelybõl azonban csak egy készült el teljesen, egy pedig félig.
A helyreállított és jól felszerelt, de vegyes nemzetiségû õrséggel védett Eger várát 1596-ban a török sereg III. Mohamed vezetésével 3 hetes ostrom után elfoglalta.
Az ostrom során megsérült falakat a török azonnal helyreállíttatta és a fõbejárat védelmére egy kisebb kapuvédõmûvet építtetett, amelyet ma Török kertnek neveznek.
A vár felszabadítására csak 1687. december 18-án került sor, mikor az ez év tavaszától tartó körülzárás után élelem hiányában Rusztem pasa Doria János õrgrófnak átadta. I. Lipót király és a bécsi Haditanács döntése alapján 1702-ben Dumont hadmérnök az egész külsõ várat felrobbantotta.
II. Rákóczi Ferenc szabadságharca idején 408 napig tartó ostromgyûrû után 1704-ben a vár õrsége a kurucoknak megadta magát. A szabadságharc bukása után, 1710 október 24-én Cuseni tábornok vezetésével a császáriak szállták meg.
A vár hadijelentõsége ezután megszünt. A XVIII. században kaszárnyának használták, majd 1783-ban gróf Esterházy Károly érsek 10778 forintért megvásárolta és köveinek egy részét saját építkezéseihez használta fel. A vár teljes pusztulását az 1827-ben egri érsekké lett Pyrker János László akadályozta meg, aki a még megmaradt részek fenntartásáról és konzerválásáról gondoskodott. 1871-ben Bertakovics Béla érsek a várat a kincstár részére adta át laktanya céljaira, s 1945-ig a katonaságé volt.