Biró Márton nagypréposti funkciója idején a kápolnában a kispapok borát őrizték. Így minden valószínűség szerint ő volt az, aki a "senki földjén" fekvő kápolna közel 180-210 cm-es vastag földrétegét kitermeltette, és a saját pincéjének szintjével azonossá tett új helyiséget kialakította.

Teljesen új fejezet kezdődött akkor, amikor Koller Ignác püspök (1762-1773) elhatározta, hogy a középkori eredetű, sok ostromot, katonai használatot átvészelő püspöki palotát feladja és újat építtet. Elsőként elbontatta a palotát, és Fellner Jakabbal, kora legjobb építészével megterveztette új rezidenciáját. Fellner az épület É-i határául a nagypréposti ház D-i homlokzati falát jelölte ki, amely maga után vonta a kápolna szükségszerű elbontását is. Adataink szerint ez a munka el is kezdődött, de óriási felháborodást váltott ki. Csak a nagypréposti palota D-i fala menekült meg a pusztulástól, valamint a palota területébe ékelődött földszinti, nyomaiban az emeleti sekrestye és e felett még egy helyiség. Ekkor fedezték fel egyébként a "more graeco" (bizánci stílusú) festett freskókat.

A nagyméretű építkezéshez sok vízre volt szükség, azonban közismert, hogy a veszprémi várban nem volt víz. Ennek biztosítása érdekében Koller Ignác - Fellner ötlete alapján - 1766-ban megbízta Tumler Györgyöt, hogy a vártól keletre fekvő Úrkúti forrásból 30 öl (132 m) hosszúságban, ólomcsöveken át vizet nyomasson fel a várba malomkerék segítségével. A vízre nemcsak az építkezéshez volt szükség, hanem az új palotában kialakított vízöblítéses illemhely üzemeltetéséhez is. A csatorna egyik ága az egykori kápolna szentélyén keresztül haladva vezetett le a várfalon keresztül a völgybe, a Séd patak vizébe.

A barbárnak ítélt bontás és az illetlennek minősített illemhely-építkezés váltotta ki az új püspöki palota tervezésének és kivitelezésének módosítását, valamint a kápolna részleges újjáépítését. A kápolna helyreállítósát valószínűleg Fellner Jakab tervezte. A bontás során részben elpusztult boltozati bordák és hevederek helyett Fellner újakat faragtatott, az általuk feltárt, majd levert freskókat újrafestették. Egyidejűleg új Ny-i bejárati ajtó, valamint Barokk stílusú oltár készült.

Ez az állapot 1937-ig maradt fenn. Az 1938-as Szent István évben (halálának 900 éves évfordulóján) Dex Ferenc vezetésével - új műemléki helyreállítással - átalakították a barokk hangulatú kápolnát és román stílusúvá varázsolták vissza. Eltüntették a barokk freskókat és az oltárt, restaurálták a román stílusú eredeti apostolfreskókat, modern oltárt, új, díszes, vasrácsos ajtót készítettek, módosították a nyugati homlokzatot, végül pedig új bádogtetőt kapott a kápolna.